Il dipinto è stato assegnato prima al pittore fiammingo Bartholomaeus Spranger e, successivamente, al tedesco Josef Heintz, entrambi pittori che soggiornarono a Roma e furono poi attivi alla corte di Rodolfo II a Praga.
L’opera è una delle numerose varianti eseguite da pittori italiani e nordici, nel corso del Cinquecento ed oltre, sulla Flagellazione della cappella Borgherini a San Pietro in Montorio, dipinta da Sebastiano del Piombo tra il 1519 e il 1524.
L’esemplare della collezione Tosio sembra però derivato da una replica incisa della Flagellazione di Sebastiano del Piombo, forse quella realizzata da Adamo Scultori nel 1881 che presenta, rispetto all’originale romano, analoghe varianti del dipinto bresciano nell’architettura della scena.